Il trattamento Shiatsu viene generalmente praticato su un materassino morbido (futon), per terra, in un ambiente dove il ricevente possa fare una "pausa".

In casi particolari il trattamento può essere effettuato in posizione seduta.

Il ricevente indossa abiti comodi, senza elastici o cinture che disturbino la circolazione (una tuta da ginnastica o qualcosa di simile) e calzini di cotone o di lana.

Dopo un'iniziale tecnica di valutazione energetica, (che permette di effettuare un trattamento rivolto alle reali necessità di chi lo riceve) la sessione si svolge attraverso l’applicazione della pressione perpendicolare, naturale e rilassata di mani, gomiti o ginocchia lungo i "meridiani energetici" che, secondo la medicina tradizionale cinese, attraversano il nostro corpo (vedi immagine).

mappa dei meridiani energetici secondo Masunaga Sensei:

Vengono eseguite anche alcune distensioni dei "meridiani" e rotazioni delle articolazioni.

In generale il trattamento si svolge in silenzio, senza musica, per favorire l'ascolto interiore e amplificare il beneficio del momento di pausa.

Con una semplice similitudine, possiamo dire che durante il trattamento Shiatsu i "meridiani energetici" vengono "stimolati" per ripristinarne l'equilibrio e - come fossero dei fiumi - viene favorito il fluire armonico del Ki (energia) all'interno degli stessi, e di conseguenza in tutto il corpo.

A seconda delle condizioni fisiche di chi riceve il trattamento Shiatsu, il ripristino dell'equilibrio energetico può impiegare più o meno tempo.